木瓜籽不能直接吃，但木瓜籽具有美容养颜、保护肝脏、清心润肺的作用，可以入药并加工成化妆品使用，同时木瓜籽含有木瓜酵素，能分解蛋白质，让肉类食物软化，可以用于腌制肉类，起到“嫩肉粉”的效果，同时木瓜籽还可以炒着吃、泡酒喝，可美容护肤、清心润肺。
1、木瓜籽芦荟酒材料：芦荟鲜叶1千克，木瓜籽数粒，米酒1.8千克，砂糖50克。做法
（1）选用芦荟鲜叶洗净切细，木瓜籽切破。
（2）将其放入容器，加入砂糖和酒，瓶口密封保存1个月，将果实取出，再放2-3周即可。
2、木瓜籽牛肉材料：木瓜一只，牛肉，酱汁，做法
（1）把木瓜的籽取出，牛肉平放腌入酱汁里，然后上面铺一层木瓜籽。
（2）把牛肉、酱汁、木瓜籽一起腌到入味，此时木瓜籽里天然的木瓜酵素就会发挥让牛肉软化的作用。
（3）腌好后，将牛肉取出，轻轻拨掉上面的木瓜籽，切记不要再将牛肉洗过，因为木瓜籽是干净没有污染又稍带甜味的，可备用牛肉做出好吃的料理。